2-я часть открывается поучениями Шакаяньи. Начиная говорить -об Атмане, он передает историю о том, как Крату Праджапати обучил валикхильев божественной мудрости. Первые наставления Крату посвящены тому, как Атман проникает в тело человека, одушевляя его и вызывая деятельность различных функций. В 3-й части он рассуждает об индивидуальном телесном начале (Бхутатмане), связанном действиями и аффектами. Далее идет речь об освобождении индивидуума слиянием Бхутатмана с высшим Атманом, осуществимом благодаря истинному знанию, аскезе и сосредоточенному размышлению. Здесь, по-видимому, кончаются наставления Крату Праджапати, и в 5-6-й частях (возможно, сравнительно поздних) Шакаянья продолжает говорить уже от своего имени. Пятую часть составляют "славословие Кутсаяны" – восхваление высших божеств как манифестации Брахмана – и космогонические рассуждения, связанные с учением о трех гунах (саттва, раджас и тамас). 6-я, наиболее обширная часть посвящена рассуждениям о "внутреннем" и "внешнем" Атмане, о "воплощенном" и "неволлощенном" Брахмане, о слоге Ом, возглашениях бхус, бхувас, свар, о почитании Савитара, о пище как изначальной природной субстанции (prakriti) и подношении Атману, об отдельных атрибутах Брахмана и далее – йогическим предписаниям, завершающим поучение Шакаяньи. В конце этой части (возможно, с VI. 31 и до конца Мт – добавление) изложены учение о природе органов жизнедеятельности и аллегорические рассуждения об агнихотре. Заключительная, 7-я часть содержит ряд символических отождествлений Атмана с самыми различными феноменами, далее – интересные в историческом отношении выпады против приверженцев ложного знания и в конце – наставления Брахмана богам и асурам о сущности Атмана, связанной с четырьмя ступенями человеческого сознания (бодрствование, легкий сон, глубокий сон без сновидений и высшее трансцендентное состояние). Иша (Isha или Ishavasya, также – Vajasaneyi samhita) упанишада принадлежит к школе Ваджасанейинов Белой Яджурведы.